برای محاسبه میزان کارایی پرایمرها و یا میزان E از دو روش می توان استفاده نمود.

  1. استفاده از رقت های متوالی در واکنش ریل تایم و ترسیم منحنی استاندارد و محاسبه شیب خط
  2. استفاده از نرم افزار linregPCR

روش اول نیازمند تهیه رقت های متوالی از نمونه ها می باشد بنابراین روش اول نیازمند صرف هزینه های بیشتر می باشد اما در روش دوم با استفاده از نرم افزار  linregPCR می توان نتایج ریل تایم حاصل از نمونه های اصلی را مورد بررسی قرار داد و به این طریق میزان کارایی پرایمرها و میزان E را محاسبه نمود.

 نرم افزار LinRegPCR

نرم افزار LinRegPCR یک نرم افزار برای بررسی داده های ریل تایم به منظور محاسبه کارایی پرایمرها و PCR ( E  یا  PCR Efficiency) می باشد. این نرم افزار داده های ریل تایم را بررسی نموده و با اصلاح baseline در همه نمونه ها و تشخیص ناحیه window-of-linearity ( ناحیه W-o-L)برای هر نمونه، بوسیله رگرسیون خطی و تخمین شیب (slope) خط رگرسیون برای هر نمونه، کارایی پرایمرها و PCR ( E  یا  PCR Efficiency) را محاسبه می نماید.

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

در توصیف نرم افزار جنیوس شاید به سادگی نتوان توضیح داد که چه کارهایی با این نرم افزار قابل انجام است و باید گفت چه کارهایی هست که این نرم افزار ممکن است قادر به انجام آن نباشد !!!

نرم افزار جنیوس یک نرم افزار همه کاره و همه فن حریف برای یک پژوهشگر زیست شناسی مولکولی است که می تواند تمام نیازهای یک پژوهشگر این حوزه را برطرف نماید. با این نرم افزار می توانید توالی های خود را از پایگاه های ژنومی دریافت کرده، با یکدیگر مقایسه کنید، پرایمر طراحی کنید، کلونینگ خود را شبیه سازی کنید، وکتور و پلاسمید های خود را از نظر تمام عملکردها بررسی کرده و یا حتی این نرم افزار می تواند نقشه خام وکتور را برای شما آنالیز کرده و تک تک قسمت های آن را نام گذاری یا انوتیت کند.

همچنین این نرم افزار قادر است فایل های خام توالی یابی را خوانده و بر اساس الگوریتم های خاص خود آنها را کنترل کیفی کند و بخش های بی کیفیت را از نتیجه توالی یابی حذف نماید. همچنین نرم افزار جنیوس توانایی مقایسه چند توالی ژنومی و پروتئینی را داشته و می تواند برای شما درخت فیلوژنتیک را بر اساس انواع الگوریتم های استاندارد رسم کند.

نرم افزار جنیوس شما را در بخش پروتئین تنها نخواهد گذاشت و از آنالیز ساختارهای پلی پپتیدی و نمایش مشخصات آنها تا نمایش ساختارهای سه بعدی پروتئین در خدمت شما خواهد بود.

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

طراحی الگوریتم ها و سیستم های بروز با تکنولوژی های نو یا همان Cut-Edge از اهمیت بسیار زیادی برخوردار است، این مسئله در تمامی علوم با مشکل ایجاد کردن همواره راه را برای تحقیقات پیشرفته بسته بود. اما نرم افزار CLC Genomics Workbench یک نرم افزار با رابط کاربری گرافیکی است که استفاده از آن را برای کاربر ساده تر می سازد . این نرم افزار برای تجزیه و تحلیل و تجسم داده ها شامل تکنولوژی cutting-edge و الگوریتم ، مناسب است . از مزایای نرم افزار می توان به طراحی و پیاده سازی الگوریتم های متعدد و مختلف، در کنار بهره گیری از الگوهای متفاوت و متناسب با نیاز کاربر اشاره کرد. این ابزار یکی ابزار مولتی پلتفرمی است که برای سیستم عامل های ویندوز ، مک و لینوکس ارائه شده است و شامل تعدادی از ویژگی های مختلف و مفید در زمینه های genomics، transcriptomic و epigenetics می باشد ؛ علاوه بر این برنامه شامل تمام ابزار های CLC Main Workbench نیز است . نرم افزار به دلیل بهره گیری از الگوهای دامنه ایی متعدد به کاربر اجازه میدهد که بتواند شرایط طراحی و الگوهای خود را پیاده سازی کند.

ویزگی های نرم افزار CLC Genomics Workbench:

-رابط کاربری ساده

-بهره از تکنولوژی های مدرن

-چند کاربرده بودن

-ارائه بر چندین پلتفرم

-قابلیت ارائه مدل های کاری مختلف

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

رزرو تبلیغات در این مکان

مطالب بر اساس


رزرو تبلیغات در این مکان

نرم افزار های ضروری