برای محاسبه میزان کارایی پرایمرها و یا میزان E از دو روش می توان استفاده نمود.

  1. استفاده از رقت های متوالی در واکنش ریل تایم و ترسیم منحنی استاندارد و محاسبه شیب خط
  2. استفاده از نرم افزار linregPCR

روش اول نیازمند تهیه رقت های متوالی از نمونه ها می باشد بنابراین روش اول نیازمند صرف هزینه های بیشتر می باشد اما در روش دوم با استفاده از نرم افزار  linregPCR می توان نتایج ریل تایم حاصل از نمونه های اصلی را مورد بررسی قرار داد و به این طریق میزان کارایی پرایمرها و میزان E را محاسبه نمود.

 نرم افزار LinRegPCR

نرم افزار LinRegPCR یک نرم افزار برای بررسی داده های ریل تایم به منظور محاسبه کارایی پرایمرها و PCR ( E  یا  PCR Efficiency) می باشد. این نرم افزار داده های ریل تایم را بررسی نموده و با اصلاح baseline در همه نمونه ها و تشخیص ناحیه window-of-linearity ( ناحیه W-o-L)برای هر نمونه، بوسیله رگرسیون خطی و تخمین شیب (slope) خط رگرسیون برای هر نمونه، کارایی پرایمرها و PCR ( E  یا  PCR Efficiency) را محاسبه می نماید.

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

AlleleID محصول شرکت PREMIER Biosoft نرم افزار جامعی است که در شناسایی باکتری‌ها، پاتوژن‌ها و طور کلی شناسایی گونه‌های زیست‌شناسی کاربرد دارد. این نرم افزار با هم‌ردیف کردن توالی‌های مختلف (Align) با استفاده از ClustalW، نواحی محافظت شده (Conserved) و اختصاصی گونه‌ها را آنالیز می‌کند. این نرم افزار در ادامه همچنین می‌تواند با استفاده از این اطلاعات، طراحی Primer و Probe را برای واکنش Real-Time PCR و ریز آرایه (Microarray) انجام دهد.

قابلیت‌های کلیدی نرم افزار AlleleID:
– آنالیز چندگانه گونه‌های خاص و Taxa
– آنالیز تعیین گونه‌ها
– تابیدگی (Splicing) ژن‌ها با کمک ریزآرایه‌ها
– طراحی Primer آکسون
– طراحی PCR Primer به صورت لحظه‌ای
– طراحی پروب TaqMan
– طراحی پرایمر سبز SYBR
– طراحی Beacon مولکولی
– طراحی پروب FRET
– طراحی پروب ریزآرایه
– طراحی آزمون NEAT
– پشتیبانی از بانک اطلاعاتی
– پسوند ورودی و خروجی متعدد

AlleleID® is a comprehensive desktop tool designed to address the challenges of bacterial identification, pathogen detection or species identification. With ClustalW multiple sequence alignment at its core, AlleleID® can be used to design species identification/cross species probes for microarrays or real time PCR including SYBR® Green, TaqMan® MGB, TaqMan® probes, Molecular Beacons and real time PCR primers. AlleleID® also offers support for designing microarray experiments for detecting alternative splicing events.

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

دانلود رایگان نرم افزار rest 2009

آنالیز داده های ریل تایم PCR فرایند سخت و پیچیده ای نیست اما جهت سهولت آنالیز این داده ها نرم افزار های مختلفی ارائه شده است. بی شک یکی از اولین نرم افزارهایی که هر کسی به سراغ آن خواهد رفت نرم افزار REST می باشد.

نرم افزار رست ( REST )   که مخفف Relative expression software tool است در سال 2002 توسط دانشگاه صنعتی مونیخ Technical University of Munich ارائه شده و آخرین آپدیت آن در سال 2009 عرضه گردید. این نرم افزار در حال حاضر در مالکیت شرکت کیاژن بوده و به صورت رایگان در اختیار استفاده کنندگان می باشد.

تا سال گذشته، نرم افزار REST  قابل استفاده بر روی سیستم های 64 بیتی نبوده اما اکنون نرم افزار نسخه 64 بیتی توسط یک گروه ایرانی ارائه شده است.

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

رزرو تبلیغات در این مکان

مطالب بر اساس


رزرو تبلیغات در این مکان

نرم افزار های ضروری