در توصیف نرم افزار جنیوس شاید به سادگی نتوان توضیح داد که چه کارهایی با این نرم افزار قابل انجام است و باید گفت چه کارهایی هست که این نرم افزار ممکن است قادر به انجام آن نباشد !!!

نرم افزار جنیوس یک نرم افزار همه کاره و همه فن حریف برای یک پژوهشگر زیست شناسی مولکولی است که می تواند تمام نیازهای یک پژوهشگر این حوزه را برطرف نماید. با این نرم افزار می توانید توالی های خود را از پایگاه های ژنومی دریافت کرده، با یکدیگر مقایسه کنید، پرایمر طراحی کنید، کلونینگ خود را شبیه سازی کنید، وکتور و پلاسمید های خود را از نظر تمام عملکردها بررسی کرده و یا حتی این نرم افزار می تواند نقشه خام وکتور را برای شما آنالیز کرده و تک تک قسمت های آن را نام گذاری یا انوتیت کند.

همچنین این نرم افزار قادر است فایل های خام توالی یابی را خوانده و بر اساس الگوریتم های خاص خود آنها را کنترل کیفی کند و بخش های بی کیفیت را از نتیجه توالی یابی حذف نماید. همچنین نرم افزار جنیوس توانایی مقایسه چند توالی ژنومی و پروتئینی را داشته و می تواند برای شما درخت فیلوژنتیک را بر اساس انواع الگوریتم های استاندارد رسم کند.

نرم افزار جنیوس شما را در بخش پروتئین تنها نخواهد گذاشت و از آنالیز ساختارهای پلی پپتیدی و نمایش مشخصات آنها تا نمایش ساختارهای سه بعدی پروتئین در خدمت شما خواهد بود.

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

یک ابزار ساده و قدرتمند از پایگاه اینترنتی eurofinsgenomics که علاوه بر خصوصیات فیزیکی و شیمیایی اولیگو ها و ساختارهای ثانویه اولیگو میتواند برهمکنش ها و ساختارهای ثانویه ایجاد شده از تقابل دو پرایمر را نیز آنلایز نماید. یکی از امکانات فوق العاده این ابزار که در اختیار ما قرار می دهد محاسبات مربوط به رقیق سازی پرایمرها است که کار پژوهشگر را بسیار ساده می نماید.

این ابزار به رایگان در پایگاه اینترنتی eurofinsgenomics  در دسترس پژوهشگران می باشد.

نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

نت پرایمر جدیدترین الگوریتمهای آنالیز پرایمر را در یک سیستم تحت وب به صورت رایگان در بستر اینترنت ارائه نموده است. این پایگاه برای آنالیز دمای ذوب پرایمر ها از nearest neighbor thermodynamic theory استفاده می کند که تضمین کننده دقت محاسبه TM در این پایگاه است. همچنین این پایگاه تمام ساختارهای ثانویه پرایمر ها شامل ساختارهای سنجاق سری، سلف دایمر ها، جفت پرایمر ها و … مورد بررسی قرار میگیرند. این نرم افزار جهت سهولت شناسایی پرایمر بهینه به شما وزن ملکولی و فعالیت نوری پرایمر ها را نیز مورد بررسی قرار می دهد. این پایگاه با استفاده از سیستم امتیاز دهی خود به  هز پرایمر با توجه به پایداری ساختارهای ثانویه و مشخصات آن پرایمر امتیاز دهی می کند تا امکان مقایسه چند پرایمر با یکدیگر به دست آید.

 

مشخصات ویژه:

پیش بینی دمای ذوب پرایمر ها بر اساس الگوریتم nearest neighbor thermodynamic

ارائه مشخصات دمای ذوب، وزن ملکولی، درصد GC، فعالیت نوری، پایداری انتهای 3’، DH, DS, و پایداری انتهای 5′

مطالعه ساختارهای ثانویه شامل ساختارهای سنجاق سر، دایمر ها، کراس دایمر ها، پالیندروم ها، تکرار ها و ران ها

امتیاز دهی پرایمر ها بر اساس مشخصات بررسی شده

ارائه گزارش مبسوط و منظم از مشخصات پرایمرهای مورد بررسی

 

NetPrimer combines the latest primer analysis algorithms with a web-based interface allowing the user to analyze primers over the Internet. All primers are analyzed for primer melting temperature using the nearest neighbor thermodynamic theory to ensure accurate Tm prediction. Primers are analyzed for all primer secondary structures including hairpins, self-dimers, and cross-dimers in primer pairs. This ensures the availability of the primer for the reaction as well as minimizing the formation of primer dimer. The program eases quantitation of primers by calculating primer molecular weight and optical activity. To facilitate the selection of an optimal primer, each primer is given a rating based on the stability of its secondary structures. A comprehensive analysis report can be printed for individual primers or primer pairs.

Major Features

  • Primer Melting Temperature (Tm): Predicts primer melting temperature using the accurate nearest neighbor thermodynamic algorithm.
  • Primer Properties: Tm , molecular weight, GC%, optical activity (both in nmol/A260 & µg/A260), DG, 3′ end stability, DH, DS, and 5′ end DG.
  • Primer Secondary Structures: Hairpins, dimers, cross dimers, palindromes, repeats and runs.
  • Primer Rating: Quantitative prediction of the efficiency of a primer.
  • Comprehensive Report: Prints complete primer analysis for an individual primer or primer pair.
  • Primer Pairs: Analyze individual primers or primer pairs.
  • Comprehensive Help: Details all the formulas and references used in primer analysis algorithm.
نویسنده: sziaee
نظرات: بدون نظر

رزرو تبلیغات در این مکان

مطالب بر اساس


رزرو تبلیغات در این مکان

نرم افزار های ضروری